商业秘密自身的价值不等于“给权利人造成的重大损失”。主要理由是：
    （１）商业秘密是无形财产，其与有形财产之间存在重大区别。所以，刑法将侵犯商业秘密罪列入破坏市场经济秩序罪中的“侵犯知识产权罪”一节中，而不是置于“侵犯财产罪”一章中。侵犯有形财产的盗窃、诈骗、抢劫以及故意毁坏财物罪，由于行为是直接取得财物，或者是故意毁坏被害人的财物，排除了原财物和合法所有人或者占有人的权利，所以，犯罪数额以财产价值计算，是合理的。但是，侵犯商业秘密罪和普通财产罪在数额计算上有根本区别：在侵犯商业秘密的场合，财产是无形的，不是一个实体，虽然侵权人在使用，但是也没有排斥合法权利人的使用。所以，将商业秘密自身价值作为侵犯商业秘密给权利人造成的损失是不准确的，混淆了侵犯商业秘密罪与普通财产罪的犯罪认定标准。
    （２）在很多场合，商业秘密自身价值高，但是侵权人实施盗窃等不法行为取得商业秘密后，不久就被发现、制止，给被害人造成的损失远远小于商业秘密自身的价值。如果以商业秘密自身价值作为被害人的损失数额，就可能出现技术图纸被盗数天内被追回，并没有给权利人造成重大利益损失，却以侵犯商业秘密罪定罪量刑的情况。
    （３）将商业秘密自身价值等同于侵权人给商业秘密权利人造成的损失，实质上将刑法第二百一十九条解释成了“侵犯商业秘密，在商业秘密自身价值极高时，即构成犯罪”。而这样的理解，有违反罪刑法定主义之嫌。
     所以，在司法实务中，必须要明确，在不能确定被害人的损失额，不能确定侵权人的获利额这些最为“基本”的数据的情况下，被害人是否遭受重大损失是根本不可能确定的。在不能确定基本数额的情况下，以专有技术普通使用权的价值作为参照依据更不妥当。在被参照的对象（被害人的损失额、侵权人的获利额等）根本缺乏的情况下，缺乏参照的标准。没有损失的基本数据，将参照数据作为定案根据，这样的判决，在涉及罪与非罪的最为关键之处可能会存在致命的“硬伤”。
      在以下情况下，即使是有关评估机构认定商业秘密自身价值较高，都不能认定被害人有重大损失，从而不能对侵权行为人定罪：（１）商业秘密权利人与他人有明确的、标的额较大的购销合同，即使他人使用商业秘密进行生产，也不影响权利人先前合同的履行的；（２）商业秘密中的主体技术不成熟，根据该秘密生产的产品无法批量推向市场，权利人不能从产品中获利，侵权行为人虽然进行了生产，但是并未销售盈利的；（３）商业秘密权利人进行停产、转产或者其他结构性调整。但是，这种现象的出现，乃是其自身实力不济以及其他综合因素所致，与侵权人的行为没有关联。